憑證規定繁多，依時依地不同，以下節錄出一些常見問題，以供參考。

• 合法的憑證只有發票跟收據及一些回數票或購買郵資證等等之類，請款單等不在其內。
• 發票及收據上的統編／抬頭／日期／品名等需書寫或打印清楚至可資辨認的程度。
• 健保費繳費証明需附上明細，以區分細目。
• 份屬交際費之支出／非營業用之必須支出／酬勞員工或個人之支出，不可扣抵稅額。
• 銷售免稅商品者／自用小客車支出，不可扣抵稅額。
• 出差差旅費要檢具出差報告單及清楚之憑證，如：飛機票根／旅行社代收代付收據等。
• 差旅之日常膳雜費，應比照公務人員之出差報支要點標準。
• 各種進／銷項退回或折讓，應依時限且具正本記錄之。
• 各項憑證入帳日期，應依權責發生制或現金收付制入帳之。
• 憑證若有毀損／遺失，應依相關規定辦理之。
• 未依法於銷售貨物／勞務時開立憑證或獲取不法憑證抵扣申報，將依法處罰。
• 違法操作憑證，惡意不實抵扣申報逃漏者，除行政罰外，將另處刑事罰。

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